Dù là một thủ môn, Rogério Ceni rất nổi tiếng về khả năng ghi bàn, như các thủ môn José Luis Chilavert của Paraguay, Hans-Jörg Butt của Đức, Dimitar Ivankov của Bulgaria hay Jorge Campos của México, René Higuita của Colombia. Anh thường thực hiện các quả phạt đền cho đội São Paulo. Ngày 20 tháng 8 năm 2006, anh ghi bàn thứ 63 bằng cú sút phạt vào lưới đội Cruzeiro trong Giải vô địch bóng đá quốc gia Brasil, vài phút sau khi cản phá một quả phạt đền của đối phương. Sau đó cũng trong trận này, anh thực hiện thành công một quả phạt đền, nâng số bàn thắng lên 64 – 21 bàn từ phạt đền và 43 bàn từ đá phạt. Kỷ lục này đưa Ceni lên dẫn đầu, vượt trên José Luis Chilavert (đứng thứ 2).

Ngày 14/7/2005, Rogério là đội trưởng đội São Paulo giành Copa Libertadores 2005 lần thứ 3. Hai tuần sau, trong trận đấu với Atlético Mineiro, anh trở thành người khoác áo câu lạc bộ São Paulo FC nhiều nhất trong lịch sử với 618 trận. Anh mặc chiếc áo màu vàng tươi in số 618 ở lưng. Tháng 12/2005, anh được bầu là cầu chơi hay nhất trận đấu do đóng góp nổi bật trong thắng lợi 1-0 trước Liverpool FC trong trận chung kết FIFA Club World Cup và đoạt giải cầu thủ xuất sắc nhất giải. Ngày 25/7/2006 anh ghi bàn từ chấm phạt đền trong trận thắng đối thủ Chivas của México, trở thành cầu thủ ghi bàn nhiều nhất cho São Paulo tại giải Copa Libertadores trong lịch sử câu lạc bộ[3]

Ngày 29/10/2006, Rogerio chơi trận thứ 700 trong màu áo São Paulo với đội Figueirense và giành thắng lợi 2-0. Nhưng điều không may đã xảy ra khi Rogerio bị buộc phải thay chiếc áo vàng tươi để khỏi lẫn với áo của trọng tài.

Cùng năm, ngày 19/11 Ceni giành danh hiệu vô địch Campeonato Brasileiro đầu tiên (chức vô địch thứ tư của đội São Paulo). Trong năm sau, Ceni lại giành danh hiệu này, và được Liên đoàn bóng đá Brasil bầu chọn là cầu thủ xuất sắc nhất mùa bóng của Giải vô địch bóng đá quốc gia Brasil năm 2007.

Ngày 27/3/2011, Rógerio đi vào lịch sử với bàn thắng thứ 100 với bàn thắng quyết định cho thắng lợi 2-1 trước đối thủ Corinthians từ một cú đá phạt cách xa khung thành gần 30 mét ở phút thứ 54. Trong số 100 bàn thắng của Ceni có 43 bàn được thực hiện trên chấm 11m, 53 pha sút phạt hàng rào, còn lại là 4 tình huống lên tham gia tấn công[4]. Mùa giải mà thủ thành kỳ cựu này ghi bàn nhiều nhất là mùa 2005 với 21 bàn[4].

Theo thống kê của FIFA, Ceni mới ghi được 98 bàn, vì không tính 2 bàn thắng trong các trận giao hữu của anh (vào lưới đội liên quân Santos-Flamengo năm 1998 và đội bóng Nga Uralan Elista năm 2000)[4], nhưng tính đến nay anh vẫn được ghi nhận là thủ môn ghi nhiều bàn thắng nhất trong lịch sử bóng đá thế giới[2], bỏ xa người đứng thứ 2 là José Luis Chilavert (đã giải nghệ) chỉ có 62 bàn (Ceni đã phá kỷ lục của Chilavert từ tháng 8 năm 2006 khi có bàn thắng thứ 63 và 64 trong sự nghiệp ở thời điểm đó).